Органогенез (от греческого - орудие, орган и - рождение, происхождение) — совокупность процессов формирования и развития органов во время эмбрионального развития.

Органогенез предшествует образование у зародыша зародышевых листков (экто-, энто- и мезодермы) в процессе гаструляции, протекающем в период с 7-го по 19-й день после оплодотворения яйцеклетки.

Исходным моментом органогенеза следует считать обособление, основных зачатков будущих органов и тканей. Из эктодермы возникают зачатки  центральной нервной системы, органов чувств, кожных покровов; из энтодермы - кишечная трубка, из которой позже вычленяются зачатки печени, поджелудочной железы, органов дыхания, основные части щитовидной железы; из мезодермы — зачатки скелета, мускулатуры, кровеносной и лимфатических систем, половых органов, органов выделения и оболочек, выстилающих все полости тела. Как правило, зачатки органов возникают под индукционными воздействиями приходящего с ними в контакт материала ранее возникших зачатков (см. Индукция эмбриональная).

К концу 3-й недели  образуется характерный для хордовых осевой комплекс зачатков (хорда, нервная пластинка), тело обособляется от внезароды- шевых частей и осуществляется замыкание нервной трубки (наиболее поздно замыкается головной её отдел), одновременно обособляются зачатки глаз, носовые плакоиды и слуховые пузырьки. Между 3-й и 4-й неделей завершается начальный этап развития сердца (у 23- дневного зародыша сердце представляет собой трубку, но оно уже бьётся) и устанавливается односторонний ток крови (зародыш получает от матери смешанную кровь).

В этот период ограногенеза возникают зачатки дыхательной системы (до рождения лёгкие не функционируют и поэтому их развитие впоследствии задерживается, и только к 28-й неделе система органов дыхания морфологически и функционально достигает такого уровня, когда возможно самостоятельное функционирование), органов пищеварения (образуется кишечная трубка, появляются желудок и двенадцатиперстная кишка, зачаток печени и жёлчного пузыря), щитовидной железы и почек (вначале закладывается предпочка, которую вскоре сменяет первичная почка, а затем появляется окончательная почка).

К концу 3-й недели образуется ротовая бухта, на 4-й неделе - язык, заднепроходное отверстие, начинают появляться зачатки конечностей, развитие которых протекает на протяжении 5—8-й недели (к 8-й неделе сформирован полностью хрящевой скелет конечностей). С 8-й недели начинается плодный период, характеризующийся ростом, дальнейшей дифференцировкой органов, становлением их функций.

Органогенез сопровождается процессами клеточной дифференцировки и гистогенеза (образование тканей). В связи с высокой интенсивностью обмена веществ и высокой чувствительностью зародыша к различным повреждающим факторам в период органогенеза лекарственные препараты, ионизирующее излучение, алкоголь, курение и прочее могут привести к нарушению органогенеза, а это, в свою очередь,— к гибели зародыша или возникновению заболеваний и пороков развития.